2拠点勤務の場合の「1か月当たりの非課税限度額」の算定方法については、所得税法上特段の規定はありませんが、国税庁の質疑応答事例の中に今回の事例に類似するものとして、月の中途で通勤方法・距離を変更した場合、変更前と変更後のいずれか長い方の通勤距離に応じた金額(月額)によることとしても差し支えないとの見解が出されており、今回のような事例にも類推適用することとなります。

したがって、長い方の通勤距離（12km）である7,100円が1か月当たりの非課税限度額となります。

通勤手当に関連して、最近、2km未満についてもしくは徒歩についても通勤手当を支給するケースがたびたび見受けらます。
その際、「一律」での支給の場合・・・所得税についてはもちろん「全額課税」なので問題は生じないと思いますが、
・注意が必要なのは、残業単価（時間外手当の計算基礎）に含めなければいけないということになります。
　給与システムによっては、体系を別に作成し（含める人と通常通りの人）、通勤手当の項目を含めるで問題がない場合もありますが（計算式が構築できればよい）
　システムでの構築が不可能な場合は、excelでの残業の計算が必要になったりということが発生する場合があります。

・もう1点、注意が必要なのは、
　固定残業代の支給がある企業の場合でこの「一律」の通勤手当がある場合については、
　1.月例給が決まっていて、基本給と固定残業代に振り分けている場合
　2.単純に固定残業代が変更になる場合　　　　　　　　　　　　　　　　など
変更が必要となる場合があります。（もちろん本人への通知も必要）


◆限度額とは
＊２㎞〜45㎞の範囲で段階的に金額が設定されている
＊車両と交通機関を併用する場合は１５万円

◆通勤費用
＊法的義務はないが、支給する場合は就業規則等に支給基準を明確にすべき
＊一般的には実測距離×ガソリン単価
＊ガソリン単価は資源エネルギー庁の調査結果など公的数値がよい

◆駐車場代
＊駐車場代は通勤手当の対象ではない（給与扱い）
＊会社の駐車場を利用しても利益供与に当たり、駐車場代の徴収が必要

◆もっと言えば…
＊通勤専用駐車場ではなく、お客様用をたまたま使っている体はOK（多分）
＊業務にも利用していれば、駐車場代の徴収は不要
＊逆に営業車で通勤している場合は、通勤分も経費扱いでOK