原則として、住民税はその年の１月1日に居住していた市区町村で課税することになっています。仮に実家住所（住民票住所）がA町、実際に生活している居所がB市として説明しますと、社員Xが令和2年１月1日にB市に居住しているのであれば、令和1年（平成31年）の扶養控除申告書の住所欄にはB市の住所を記載し、そうすることで源泉徴収票にはB市の住所が印字され、会社がB市に給与支払報告書を送付し、5月頃にB市から令和2年の住民税決定通知書が会社あて送付されてくることとなります。
B市は住民票の登録がない社員Xの「給与支払報告書」が届いていることになりますので、社員Xまたは会社に住民登録地（住民票住所）を照会し、A町に対しては住民登録外課税をする旨を通知し、A町が社員Xに（二重）課税をしないようにします。

このケースの場合、扶養控除等申告書に住民票住所地であるA町を記入すると、B市はX氏がB市に居住していることは分かりませんので、住民税はA町で課税されます。
X氏が扶養控除等申告書に住民票住所地であるA町を記入し、会社に提出後、1月1日までに住民票をB市に異動させていると、A町では社員XはA町からB市に転出したものと判断し、給与支払報告書がB市に回送され、住民税はB市で課税されます。

住民税はごみの回収など、行政サービスを受けるために支払う税金ですので、居所の住所地に納付することが正しいこととなります。住民基本台帳法の通り、転居をしたら住民票の異動の手続きをするよう指導してください。

なお、会社の運用上、扶養控除等申告書には住民票住所を書くようにとしている会社も多いので、運用として決めていただくことに、現状、問題はございません。