平均賃金を計算するにあたり、直近3ヶ月の間に休職期間すなわち通常通りの勤務ができていない期間がある場合には、その期間は除いて計算をする必要があります。

例として、賃金締切日が末日、自宅待機の開始が10/16、その前の5/20～10/15の期間で私傷病休職をしていた場合で考えます。
通常であれば7月・8月・9月の給与額をもって平均賃金を算出しますが、私傷病休職で通常通りの勤務ができていない状況ですので、休職に入る前の2月・3月・4月の給与額を元に計算します。
5月は月途中から休職しているため計算から外して考える為、その前の給与締切日である4/30を基準とし、それ以前の3ヶ月間の給与額を元に計算するということになります。

尚、長期休職以外で、下記のいずれかに該当する期間がある場合においては、算定期間及び賃金の総額から除いて考えます。
　・業務上負傷し、又は疾病にかかり療養のために休業した期間
　・産前産後休業期間
　・使用者の責めに帰すべき事由によつて休業した期間
　・育児休業期間、介護休業期間
　・試用期間

賃金締切日や休職の状況によって変わることがありますので、詳細をご確認の上、管轄の労働基準監督署へご相談いただくと確実かと存じます。