労働基準法において「事業場に労働者の過半数で組織する労働組合があるときはその労働組合、そのような労働組合がないときは労働者の過半数を代表する者（従業員代表者）と使用者で書面による協定を締結すること」と記載されており「労使協定」という言葉については直接的な表記はされていません。

ここでいう「事業場」とは、労働基準法の適用事業の単位ごとであり、原則的に一つの事業かどうかの判断は場所的観念により、同一の場所にあるものは一の事業場とし、場所的に分散しているものは別個の事業とされます。ただし、同じ場所にあっても著しく労働の様態が異なる部門がある場合、別個の事業として区別する場合もあり、全社員におよぶ協定であっても事業場ごとに締結が必要です。

また、届出が必要な労使協定は①～③になりますが、労使協定を締結・届出することによって、労働基準法等の最低基準効を解除する効力や罰則を免れる効力「免罰効果」が発生いたします。ご質問の協定についてこの効果が発生するタイミングは下記ご注意ください。

「1年単位の変形労働時間制」「事業場外の労働のみなし労働時間制」については、協定を締結した段階で免罰効果が発生し、届出をしなかった場合には、届出義務を怠った罰則の適用は受けますが、その協定に従って労働をさせたとしても、労働時間について定めている法32条の労働時間に関する違反にはなりません。

「36協定」は締結した段階で効力が発生するものではなく、所轄労働基準監督署長に届出た段階で初めて免罰効果が発生するため、届出せずにその協定に従って労働させたことで、法32条35条等違反として罰則の対象となりますが、届出を怠ったことについての罰則はありません。

届出の義務があるものについては、速やかに届出を行いましょう。