残業単価の計算にあたり、基礎となる賃金から除外できるものは労働基準法第37条第5項及び労働基準法施行規則第21条各号に限定列挙された７項目に限られています。

固定残業代や固定深夜割増代はこのいずれにも該当しませんが、就業規則等により一定時間分の時間外労働、休日労働及び深夜労働に対して定額で支払われる割増賃金であることが明記され、実際に行われた時間外労働等が定額の残業代を超えた場合には不足分を追加で支払うこととされていれば、労働基準法上の時間外労働手当であると認められ、割増賃金の基礎となる賃金に算入しなくてもよいとされています。

深夜割増代につきましても労働基準法第37条第1項が定める「通常の労働時間の賃金」には該当しませんので、割増賃金の基礎となる賃金に算入しなくてもよいことになります。

したがって、御社の残業単価の算出方法は問題ないものと思われます。