お答えします。

１． 休日割増、週40時間超の割増について
前提として、時間外労働・休日労働させるには36協定を結んでいなければなりません。
法定の労働時間（８時間/日、４０時間/週）を超過した労働時間については25％の割増賃金を支払わなければならず、週1日、4週4日の休日（法定休日）に労働した時間については３５％の割増賃金を支払わなければならないというのはご承知の通りかと思います。

２． ①振替出勤の日について休日割増（35％）について。
ご認識の通りです。振替出勤・振替休日は所定の労働時間と休日を入れ替えるという制度ですので、振替出勤は休日労働にあたらないため休日割増は付与する必要はありません。（就業規則、そのた各社の定めによる）

②振替休日が同じ週に属していない場合は週40時間超の割増賃金（25％）の支払いについて
割増は発生します。
変形労働時間制により所定労働時間が週４０時間を超える週があると組んだ（特定した）場合、その（特定した）週について４０時間を超えた労働時間の割増賃金は発生しませんが、所定労働を越えた労働時間に対しては割増賃金を支払う必要があります。

３． 変形期間開始後に、あらかじめ週４０時間以下としていた週に勤務が振替られた場合で、週４０時間超の割増が発生しないような法的な手立て・規則策定の方々について
前提として、変形労働時間制が労働時間の集中や不規則化など労働者の生活に影響を与える可能性が大きいことから、労働者に与える影響を最小限に留める手段として労働時間の事前の「特定」が要件とされています。
それを踏まえたうえで、原則として変形期間の途中で労働時間の変更は行うことはできませんが一旦特定した労働時間の変更は就業規則などにその変更の事由を規定し、かつ労働者が予測可能な程度に、具体的に変更事由が定められている場合にのみ可能です。
ご期待に添える回答ではないかもしれませんが、変形労働時間の見直しの必要性がある場合にご検討していただければと思います。