給与の過払いにつきましては、まずご本人へいくら返還していただく必要があるのか謝罪とご説明をし、金額に応じて一括なのか、分割が良いのかご本人の同意を得て対応することが必要となります。

ご本人が復職後に分割で返還希望された場合、それに応じたとしても法的には問題ございません。
ご本人としては、産休・育休中のため収入がない中で、会社側のミスによる過払い金を返還することに少なからず抵抗があるかと思います。
既に出産手当金の支給はされているかと思いますが、今後手続きされる育児休業給付金の概算金額・給付時期などを予めご連絡することで、分割で返還する際の目安にもなるかと思います。

また、2014年4月の法改正により、育児休業開始後180日までの育児休業給付金の支給率が50％→67％に引き上げられたこともあり、なるべく早い時期のほうがご本人にとっても返還しやすいことをご説明するとよいでしょう。