まず前提として、御社における賞与の定義とはどういったものでしょうか。
業績を反映させる業績賞与や、従業員のモチベーションアップのための未来に対するインセンティブとしての賞与などがありますが、従業員のローン等の事情に配慮すること以上に、会社としての賞与の位置付けとして、変更が最適であるならば行ったほうがよろしいかと思います。
もちろん、従業員に対する周知や納得性の高い説明を行い、会社としての方針を理解してもらうようにすることが必要になります。
ご質問の内容を確認させて頂きますが、決算月と賞与を連動させて、考課期間を変更させたいとの理解でよろしいでしょうか。
決算と賞与の支払いは必ずしも連動していなくても良いので、現在をまたがっての考課期間でも問題ないのであれば、賞与月・考課期間を無理に変更する必要はないかと思います。
また、賞与の意味合いがどういった内容かで前提が異なりますが、考課から賞与支給までの期間が長くても問題なく、従業員の納得を得られるのであれば、現状の支給月のままでよろしいでしょう。
しかし、考課から支給の期間が短いほうが、望ましいのであれば、例えば以下のように賞与支払い月を移行させる方法があるかと思います。
4月―9月・・・12月賞与
9月―12月（3カ月での考課）・・・3月賞与
1月―6月・・・9月賞与
1月から、新しい期ということで、初めの1回は通常よりも短い考課期間での賞与を挟み、以降は考課と支払いの期間を変更すれば良いのではないでしょうか。
ただ、考課が一度増えますので、評価をされる管理職の負担が大きくなることが予想されます。変更にあたっては、管理職の方の理解を求めるのが重要でしょう。
従業員に対する十分な配慮は必要ですが、賞与の意味合いや考課、経理的処理などを考慮した上で、今後の御社としての方針を決められるとよろしいでしょう。