規程等に「新入社員の研修期間を除く」旨が記載されていれば問題ありません。
記載されていない場合は、記載したうえで運用するのが望ましいでしょう。

研修期間は「会社に対する成果貢献を果たしていない期間」と考えることができます。
ついては研修期間を会社の裁量により、賞与算定期間から除外して賞与を支給することは可能です。
ただし、「研修期間を賞与算定期間から除外する」ことが規程等に記載されていなかったり、新入社員にアナウンスされていなかったりすれば、本人には賞与を減額されたと判断されるリスクもあります。

もし現在規程等に「研修期間を賞与算定期間から除外する」ことが記載されていないのであれば、まずはその内容を規定等に記載されるとよろしいでしょう。
その上で、今年度からそのような運用方法に切り替えるというのであれば、該当社員にその旨を説明し同意を得たうえで運用するのがよいかと考えられます。