結論から申しますと、就業規則において祝日を休日と定めた以上、祝日は所定休日ですので休日扱いとなります。
所定休日には法定休日（4週4日必ず取得しなければならない休日）と、法定外休日（法定休日以外で就業規則などで定められた休日）があります。
御社の場合4週6休のうちの4日が法定休日となり、残りの2日、及び祝日や年末年始が、就業規則で定められた法定外休日となります。
ですので、休日数を4週6休と定めた場合、土曜日を月2回休日とする、というような定めがないのであれば、土曜日の変わりに祝日を4週6休のうちの休日とすることも可能です。

ただ、これまで祝日のほかに4週の内に2日土曜日を休みとしていた場合、不利益変更ということで労使間トラブルにつながる可能性もありますので、規定を改定される場合には注意が必要です。
御社の場合、法定休日がどの日（曜日）で法定外休日がどの日（曜日）なのかを明らかにされると（就業規則にすでに明記されているかもしれません、ご確認ください）理解しやすいかと思います。

欠勤の控除とすべきか、という点をご心配なのであれば、祝日に休みを取ることは就業規則上欠勤ではなく、予め定められた休日ですので欠勤控除などの必要はありません。