まず源泉徴収票の控除合計額の誤記載についてですが、こちらの表記が誤っている場合、年税額が正しく算出されているか否かが懸念されますので今一度ご確認頂きたいと存じます。
また源泉徴収票に誤記載があった場合、この方の所得税額・住民税額に影響がでます。
会社は特別徴収義務者であるため、速やかに正しい所得税額の算出とともに、給与支払報告書を市区町村に提出する必要があります。
給与支払報告書の提出期限は1月末ですので、12月中に気づいたのであれば間に合うかとは思われますが、もしすでに提出を行っていた場合は再提出をしてください。
今回のケースでは、速やかに再計算を行う必要があります。既に年末調整の清算をされておりましたら、ご本人への説明に加えて、源泉徴収票の差し替えと過不足金額の調整を行ってください。