給与を日割り精算する場合、給与から差し引く雇用保険料（従業員負担分）については、給与の精算と同時にすれば良いでしょう。
また、会社負担分についてですが、雇用保険料の納付は月々納付する社会保険料とは異なり、年度更新（労働保険概算・確定保険料申告）の際に実際に支給した給与額に基づき計算しますので、ご質問のような還付申告等の手続きは必要ありません。
上記に加えて補足になりますが、「一旦　納めた雇用保険はそのままになるのでしょうか？」というご質問の意図が、「死亡による退職なので当然失業保険は出ないが、これまで保険料を納めてきているのに、それに代わるようなものはないのか？ないのであれば、保険料は戻ってこないのか？」ということでしたら、一度納めたものつきましては還付されません。雇用保険は相互扶助の考えに基づく制度であるためです。

※雇用保険制度の目的
①働く方が失業した場合
②働く方について雇用の継続が困難となる事由が生じた場合
③働く方が自ら職業に関する教育訓練を受けた場合に、必要な給付(失業給付等)を行うことにより、働く方の生活及び雇用の安定を図るとともに、求職活動を容易にするなどその就職を促進することと、あわせて雇用保険二事業として、
④失業の予防、雇用状態の是正、雇用機会の増大（雇用安定事業）
⑤働く方の職業能力開発及び向上を促進（能力開発事業）を図ること

以上、参考にしていただければ幸いです。