フレックタイム制であってもノーワーク・ノーペイの原則にしたがって、賃金カットをすることができます。

清算期間における総労働時間に対して実働時間が不足するときには、その時間（フレックス不足時間）を算出し、就業規則に定めた控除式からフレックス減額をするという運用方法になります。
フレックス減額の単価を設定する際には、基準内賃金を清算期間における総労働時間で割る方法を採用するとよいでしょう。
上記の運用をする際には、控除の計算式をしっかりと規程化、周知することが肝要です。そうすることで未払いトラブルの防止にもつながります。