育児休業から復職した従業員が復職初日から会社都合等で休業となった場合の休業手当は、原則として「育児休業開始前の直近3ヶ月間の賃金実績」まで遡って平均賃金を算出し、その6割以上を支払うことになります。
具体的な理由と計算の考え方は以下の通りです。

1. 育児休業期間は平均賃金の計算から「除外」される
　　休業手当の基礎となる「平均賃金」は、原則として算定事由発生日（今回の場合は
　　復職初日）以前の3ヶ月間に支払われた賃金総額を、その期間の暦日数で割って計算
　　します。
　　しかし、労働基準法第12条第3項の規定により、育児休業をした期間とその期間中の
　　賃金は、平均賃金の算定期間および賃金総額から控除（除外）しなければならないと
　　定められています。
　　これを含めて計算してしまうと、休業中の無給状態などが影響して平均賃金が不当に
　　低くなってしまうためです。
　　復職初日から遡って計算する際、育休期間はスキップされ、実質的に「育休開始前の
　　就労していた直近3ヶ月間」の賃金と日数を用いて計算することになります。

2. 時短勤務による給与減額の影響について
　　対象者は復職時に時短勤務となり月次給が下がる予定とのことですが、平均賃金はあ
　　くまで「過去の賃金実績」に基づいて算出されるものです。
　　前述のとおり、今回は育休前の賃金実績まで遡って計算されるため、復職後の時短勤
　　務による給与減額は、今回の休業手当の計算（平均賃金）には反映されません。
　　結果として、育休前の水準（フルタイム時など）をベースにした休業手当を支払うこ
　　とになります。

なお実際に休業手当を算出される際には所轄労働局への確認されることをお勧めいたします。