結論から申し上げますと、ご質問のタクシー代は通勤手当として取り扱うのが妥当と存じます。
経費としての旅費交通費は業務中の移動費用などが該当するため、通勤に要するのであれば原則として通勤手当となります。

所得税等の計算においては、
・タクシー利用に対する支給金額が、実費相当額と認められる場合
・タクシーの利用が最も経済的で合理性が認められる場合
という要件を満たすかどうかが重要となります。

タクシーの利用に当たり、
・実費を精算
・利用する時間帯は他の交通機関がない
ということですので、上記要件は満たしていると思われます。

なお通勤手当としてのタクシー代は、電車等公共交通機関を利用した場合と同じ扱いとなりますので、バス通勤費＋タクシー代の合計額が15万円以下であれば非課税となります。

また、通勤手当としてのタクシー代は、社会保険料や雇用保険料の基となる賃金として扱うこととなります。