1．制度の概要
　1か月以内の一定期間を平均して週40時間（特例事業場は44時間）以内となるように設定すれば、特定の日に8時間超や特定週に40時間超で働かせることができる制度です。導入には、対象期間・起算日・対象労働者・日ごとの所定労働時間などを事前に定める必要があります。

2．導入方法
■就業規則で定める方式
　就業規則に必要事項を明記すれば導入可能です。常時10人以上の事業場は就業規則の作成・変更の届出が必要です。就業規則方式を選んだ場合、別途労使協定を締結する必須要件はありません。ただし、記載が不十分だと制度自体が無効になる場合があります。

■ 労使協定で定める方式
　使用者と労働者代表で協定を締結し、対象労働者、起算日、期間、日・週ごとの所定労働時間、協定有効期間などを定めます。協定方式にした場合は、所轄の労働基準監督署へ「協定届」を提出する必要があります。

3．ご質問への結論
　就業規則で制度を定め、必要な届出（就業規則届）を行っていれば、労使協定を別途締結する義務はありません。
　ただし、労使協定方式を採った場合は必ず協定届が必要です。
　就業規則方式の場合は協定届は不要ですが、常時10人以上の事業場では就業規則の届出が必要です。

4．運用上の注意
　就業規則または協定に、対象者、変形期間、日別・週別所定労働時間を明確に記載すること。
　労働者への周知義務（掲示・配布など）が必要。
　実勤務が平均週40時間（特例44時間）を超えないか定期的に確認すること。違法運用は残業代請求や監督署指摘のリスクがあります。