回答いたします。

有給休暇取得時の計算方法は労働基準法に3種類の定めがあり、
その範囲内で合理的な理由があれば、正社員にはこの方法、アルバイトは別な方法、というように
雇用形態ごとに計算方法を別々に適用するよう予め定めておくことは可能です。


計算方法
①　通常勤務と同じ賃金を支払う
②　平均賃金を支払う
③　健康保険法の標準報酬日額を支払う（③は労使協定の締結が必要です）


例えば、正社員は①の通常勤務と同様の賃金を支払う、
アルバイトが歩合給のように1日の通常勤務の金額が定まらない給与体系のため②の方法で支払う、
というように予め就業規則に定めておけば、そのように運用することは問題ありません。

ただし、個人ごとに変更したり、①と②のうち安い方を払う、というような恣意的な運用はできませんのでご注意ください。