複数の事業所で勤務しており、どちらの事業所も社会保険の適用事業所で労働条件が加入要件を満たす場合はどちらの事業所でも社会保険に加入する必要があります。
また、2カ所以上で社会保険に加入した場合は被保険者が「被保険者所属選択・二以上事業所勤務届」を届出する必要がございます。

「被保険者所属選択・二以上事業所勤務届」とは被保険者が同時に複数（2カ所以上）の適用事業所に使用される場合に、事実発生から10日以内に被保険者が届出を行い、主たる事業所を選択するものです。 主たる事業所を選択することで、選択した事業所を管掌する保険者から医療給付を受けることになります。また、健康保険の料率は、選択した事業所を管掌する保険者の料率となります。
厚生年金保険は届出の結果、選択した事業所の所在地を管轄する事務センターが当該被保険者に関する事務を行うことになります。
なお、健康保険組合に加入している事業所を選択した場合は、加入先の健康保険組合にも手続きが必要となります。

会社としては、複数の事業所で社会保険に加入した方に「被保険者所属選択・二以上事業所勤務届」を早急に届出するようご指導ください。
なお、正当な理由がなく被保険者所属選択・二以上事業所勤務届を届出ない場合は事業主に6ヶ月以下の懲役または50万円以下の罰金が科される可能性があります。
（健康保険法第208条）

「被保険者所属選択・二以上事業所勤務届」の届出に基づき、選択した保険者と年金事務所から「二以上事業所勤務被保険者標準報酬決定通知書」が全ての事業所に送付されます。
健康保険料、厚生年金保険料は事業所ごとの報酬を全て合算して報酬月額を算出し、その報酬月額と各事業所の報酬に応じて按分計算され、通知書にはそれぞれの保険料額が記載されておりますので、毎月の給与計算ではこちらの金額を控除するようにしてください。

また、2024年10月より社会保険の適用がさらに拡大されており、従来は加入要件に該当しなかったパート・アルバイト等の方についても、勤務先の規模や労働条件によっては本人が気づかないうちに社会保険の適用対象となり、結果として二以上事業所での被保険者となっている可能性がございます。
このような状況により、今後も資格期間の重複などが発生するリスクがあるため、本人への周知および社内での勤務状況の確認を行うようにしてください。