回答いたします。
二重課税にならず特別徴収と普通徴収を同時に行う例としては、
会社勤めで給与所得にかかる住民税の特別徴収を受けている方で、
給与所得以外に年金などの雑所得・不動産所得といった給与以外の所得があり、
確定申告の際にそれらを普通徴収により納付することを選択した場合があります。
その場合、給与所得分を特別徴収で、その他の所得分を普通徴収で納付します。

一方、複数の会社から給与所得を得ている場合、それぞれの給与所得にかかる住民税の徴収方法を分けることはできません。
かならずどちらも同じ方法で合算して徴収されることになります。