お問い合わせの件は、さかのぼっての手続きが可能です。必要書類は以下となります。
・国民年金第3号被保険者関係届
・国民年金第3号被保険者特例措置該当期間登録（取消）届書
・遅延理由書

当該社員の配偶者が被扶養者として認定されていることが分かる書類を上記に添付の上、お手続きを行ってください。
（「国民年金第3号被保険者関係届」に医療保険者の証明をもらう、健康保険証写しを添付、事業主の証明書等）

「国民年金第3号被保険者特例措置該当期間登録（取消）届書」は日本年金機構のホームページにてダウンロードすることができないため、最寄の年金事務所にて入手してください。

今回さかのぼって手続きを行うことで、2年間を超える期間について保険料納付済期間となります。

なお、納付済みの国民年金保険料は還付されます。もし年末調整や確定申告の際に、配偶者の国民年金保険料社会保険料控除に加算していた場合、年末調整または確定申告をやり直す必要がありますので、ご注意ください。