二以上事業所勤務における選択事業所と非選択事業所を指定は、給与額や勤務時間の多寡によらず、ご本人様の意思によって決まります。
従いまして、ご本人様の意思によって副業の会社を選択事業所としたのであれば問題ございません。

ただ、確かに会社様としては、副業先の会社で社会保険に加入するということは些か違和感があると存じます。
就業規則で副業を認めていないのであれば、ご本人様にそもそも副業をしていること自体を問い質すことができます。
副業を認めているのであれば、一旦は副業先を選択事業所とした2以上事業所勤務を受け入れた上で、会社として自社を選択事業所として欲しいということであれば、ご本人様へ選択事業所を変更してもらう相談を持ちかけることが良いと存じます。