有給休暇は、就労の義務がある日について就労を免除するものであり、就労の義務がある日でなければならないという前提があります。
例えば、所定休日のように元々就労の義務がないので、有給休暇を取得する余地がないことから、理解出来るかと存じます。

休職期間中に有給休暇を利用することは、すでに就労義務が免除されている日に重複して就労義務の免除をすることになります。

行政解釈(昭31.2.13 基収第489号)では、
「休職発令により従来配属されていた所属を離れ、以後は単に会社に籍があるにとどまり、会社に対して全く労働の義務が免除されることとなる場合において、休職発令された者が年次有給休暇を請求したときは、労働義務がない日について年次有給休暇を請求する余地がないことから、これらの休職者は、年次有給休暇請求権の行使ができないと解する。」と解されています。

したがって、有給休暇が残っていたとしても、また休職中に新たな有給休暇の権利が発生することになって、休暇期間中に取得することは認められないと考えられます。