通勤経路の駅については、会社に申請している最寄駅かどうかという事は問題にはなりません。
自宅から会社まで、合理的な経路及び方法かどうかが問題になります。

例えば、健康の為一つ前の駅で降りて通勤している場合は、それが通常の通勤の概念から外れるほど著しく長い距離や、合理的な理由から説明できないほどの遠回りだったのであれば認められない可能性があります。また、当日の交通事情により迂回してとる経路は、合理的な経路となります。

今回、通勤災害を申請する場合は、通常利用している駅からの経路で申請をして、いつも利用している経路に戻ってからの事故という事がわかるように、地図に駅から自宅までの経路と被災場所、当日利用したお店までの経路を記載した地図を添付する必要があります。

「合理的な経路及び方法」かどうかの判断は、管轄の労働基準監督署で個別に判断されます。

東京労働局
https://jsite.mhlw.go.jp/tokyo-roudoukyoku/hourei_seido_tetsuzuki/rousai_hoken/tuukin.html