まず、就業規則に定めのないない取り扱いを行うことは従業員様とトラブルに発展した場合、会社側が不利になる可能性が考えられますので、できるだけ規程の趣旨に沿った取り扱いを行うことで、ご本人様の納得感につながるのではと存じます。
また、今後に別の方に対して規程に定めのない取り扱いを行う場合には今回と同様の取り扱いを行うことが良いかと存じます。

その上で今回の対応につきまして、職制度の趣旨である療養期間の設置という点では本来は対象外である勤続1年未満の方を休職対象としますので、ご本人に有利な取り扱いと考えます。
他方、休職期間の設定を続年数が長いほど休職期間も長くなるという設定にしている場合、勤続1年未満の方に対して勤続1年以上の方と同等の休職期間を与えることは、与え過ぎという見方もございます。
そこで、休職規程の趣旨に応じ、勤続1年以上の方に対して与えられる休職期間の半分を適用するなど勤続期間の短さに応じて休職期間も短くする対応が考えられました。

休職期間の意味合いとしては、会社としてどれだけの期間であれば従業員の欠勤を受け入れ復帰を待つかという限度を定める意味合いがございますので、規程趣旨に添いご本人の理解納得を得ることを念頭に置きつつ、ご本人様の病状や精神状態、医師の求める療養期間、復帰のご意思などを鑑みてお話合いをされることが良いかと存じます。

また、休職者が発生することは、会社として戦力ダウンにつながる可能性もございます。
休職になった要因をご本人からヒアリングし、会社の仕事環境が要因の一つであれば、戦力ダウンを未然に防ぐためにも環境に改善できる点があるか検討されてはいかがでしょうか。