今回のご相談ですが、日本年金機構より公開されている「海外勤務者の報酬の取扱い」というリーフレットに詳細が記載されております。

https://www.nenkin.go.jp/service/kounen/hokenryo/hoshu/20150515-01.files/0000020022FUlxbluFis.pdf

結論としましては、現地法人から支払われる給与が、A.国内法人の給与規程等に基づき決められているか、またはB.現地法人の給与規程等に基づき決められているか、によって決定することとなります。
例えば、国内法人から20万円、現地法人から80万円、総額で100万円の給与を受け取ると仮定して、Aの場合は100万円、Bの場合は20万円を基に標準報酬月額を算出します。
貴社の場合、国内法人で決定していらっしゃるとのことですので、国内法人支給分・現地法人分を合算した総額で算出することとなります。

この金額の決定については、「実質的に」どちらの法人で決定されるかで判断されることになる点がポイントとなります。

実際に現地法人から支払われる給与は、現地通貨での支払いになるかと思われます。この場合、標準報酬月額算出の算出にあたっては、給与支給日における外国為替換算率で日本円に換算して計算します。

実態として、国内法人と現地法人での支払割合は、例えば家族を日本に残して単身で海外に出向する場合、家族同伴で出向する場合等、ケースバイケースで決定されるかと思われます。その際には、上記ルールで標準報酬月額が決定されることから、実質的な手取りが大きく変わるケースもございますため、対象の従業員様にはしっかりとした説明をされるのがよろしいかと存じます。