6か月分定期券代を支給されている会社様の中でも従業員規模によって対応が異なるかと存じます。

従業員数が少なければ、改定後の情報を会社側で収集を試み給与支給に間に合わせるパターンがございます。
従業員数が多ければやはり従業員様側で確認の上で変更がある場合のみ申請してもらう方法がございます。
従業員様から申請してもらう場合、申請期日や支給日などの周知を十分に行い可能な限り後からの反映は減らすことが良いかと存じます。

貴社の規模感によりますが、3月支給では改定前の6か月定期券代を支給し、4月支給にて社員様のご申請により改定前と改定後の定期券代差額を支給することが良いかと存じます。

別の方法としては、3月支給では6ヶ月分定期券代を支給せず情報が出そろった後の4月支給にて改定後の6か月定期券代を支給することも考えられました。
ただこの場合ですとこれまで前払いだった定期券代が後払いになるため従業員様の金銭的ご負担が考えられました。

現段階で改定後運賃の情報が出そろわない以上、やはり3月支給で一旦、改定前の定期券代を支給し4月支給で改定ある方の差額をまとめて支給することが良いのではと存じます。