地方からの転勤に伴う、東京勤務者への手当支給についてですが、基本給が増額するまでの間について一定額を補償するものとなるので、手当ではなく「調整給」で支給されるのがよろしいかと存じます。
「勤務地手当」は、複数の勤務地がある場合に、勤務地ごとの物価に合わせて生活を補償するものとなるため、複数の事業所がある場合には有効なものと考えます。
しかし、「勤務地手当」は該当の勤務地に在籍する期間については一定額を支給し続けるものとなりますので、基本給の増額に応じて減額はすることは手当の制度上他のものと比べてイレギュラーとなります。
尚、「調整給」「勤務地手当」ともに、給与規程への記載が必要になりますので、意味合いは異なりますが「基本給」を増額してしまうという考え方もございます。（すぐに指摘される事項ではございませんが、給与規程にはいずれ給与項目の追記が必要となります。）
「調整給」「東京勤務者への手当」「基本給」のいずれの支給としても、毎月一定額を支給するものとなりますので、割増賃金の基礎となる単価に含まれます。そのため、最低賃金をクリアできるものと存じます。

＜補足＞
「割増賃金の基礎となる賃金」の対象から除外できるものは、下記となります。
※例示ではなく、限定的に列挙されているものとなります。
（1）家族手当
（2）通勤手当
（3）別居手当
（4）子女教育手当
（5）住宅手当
（6）臨時に支払われた賃金
（7）1ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金