電子的控除証明書とは、保険会社から電磁的方法により交付を受けた控除証明書のことをいいます。
マイページの控除証明書再発行のメニューにて、控除証明書の電子ファイル（XMLファイル）をダウンロードすることができます。
年末調整申告時に注意すべき点として、電子ファイル（XMLファイル）はそのまま印刷して利用することができません。電子ファイル（XMLファイル）を開いて内容を訂正した場合は使用不可となります。

申告時の添付方法としまして
① 紙で提出する場合電子データを国税庁ウェブサイトの「QRコード付証明書作成システム」を利用して印刷可能な形式に変換し対応してください。
② 勤務先の年末調整が電子化されている場合は電子データを提出してください。

近年クラウド上での年末調整申告が普及していることと存じます。電子ファイル自体での提出を受け付けるか否かは企業の運営フローに係ることです。
申告ルールを周知し混乱しないようにしていきましょう。

参考URL：「QRコード付証明書作成システム」https://www.e-tax.nta.go.jp/cps/cps.htm