社員が第三者に与えた損害に対して、会社は損害賠償責任を負う義務がございます。
これを「使用者責任」と言います。（民法第715条）。
会社は社員を使用して利益を得ているので、社員の行動により発生した損害に対し
ても責任を負うべきと言う事を考え方に基づいています。

また同時に、会社が社用車を運用して利益を享受している場合は、その社用車が起こした事故に対して損害を賠償する必要があります。これを「運行供用者責任」と言います。（自動車損害賠償保障法第3条）。
会社は社員が社用車を運転して営業に回る事により享受している利益に対してその責を
負うと言う考え方に基づいています。但し、こちらは相手方が死傷した人身事故についてのみ適用される制度でございます。所謂、物損事故の場合は、対象外となります。

今回のケースは、業務中に社用車で事故起こしてしまったと言う事ですので、上記の
「使用者責任」には問われますが、所謂、物損事故と言う事でございますので「運行供用者責任」には問われない事となります。

会社が第三者に対する損害を賠償した場合、会社から当該社員に対して求償出来る場合もございますが、この場合は社員の故意、又は重大な過失があった場合等、かなり限定的になります。一般的にこの求償権の行使は制限される傾向にあります。

貴社の社用車の修理費用に関しましては、一般的に会社が負担する傾向にありますが、
必ずしも会社が負担しなければならないと義務づけられているわけではないので、事故の状況よっては、社員が全額負担する場合もございます。
労働基準法第16条で「賠償予定の禁止」が定めれておりますが、こちらは会社に損害を
与えた場合の賠償金等の約束を禁止しているもので、実際に生じた損害賠償請求や費用
負担を禁止しているわけではありません。社員の故意や重大な過失による事故の場合は
社員が修理費用を全額負担する事になるかと存じます。