回答いたします。
平均賃金の最低保証額算出の際の勤務日数は有給休暇取得日も日数に含まれます（昭和22.11.5基発231号）が、この日数を数える際は勤務時間に関わらず1日として数えます。よって、「半日有休を取得して残りを働いた日」も勤務日数1日として数えますし、「半日有休を取得して残りを欠勤した日」についても、有給休暇の日数としては0.5日分ですが、勤務日数としては1日としてカウントします。
例えば、「半日有休を取得して残りを欠勤した日」がもし2日あった場合、「勤務日数」は2日ですが、「有休取得日数」は0.5*2=1日となりますので、「勤務日数」「有休取得日数」それぞれを数え間違えのないよう注意して計算する必要があります。