退職後の期間の証明は会社側では当然の事ながらできませんので、出産手当金の申請における事業主の証明欄に記載する期間は、あくまでも会社に所属していた期間の証明だけをすれば問題ございません。
また、申請についてはこれは会社様の判断によりますが、全期間の申請がされた本人記載欄がある申請書でも必要期間の証明だけをした事業主記載欄を添付して手続きをしても問題ございませんし、ご本人様へ事業主記載欄の書類をお送りされ、ご本人様が直接申請の手続きをしても構いません。
退職＝資格喪失の手続きはされていることから協会側でもなぜその期間までしか事業主が証明していないのか、という事情は把握できますので添付書類(退職日を証明するものなど)をつける必要もございません。

退職後に出産手当金の申請をする条件については協会けんぽのHPにも記載があります通り
・被保険者の資格を喪失をした日の前日（退職日）までに継続して1年以上の被保険者期間（健康保険任意継続の被保険者期間を除く）があること。
・資格喪失時に出産手当金を受けているか、または受ける条件を満たしていること。
なお、退職日に出勤したときは、継続給付を受ける条件を満たさないために資格喪失後（退職日の翌日）以降の出産手当金はお支払いできません。
と記載がされております。退職日の出勤は、出産手当金の他に傷病手当金の退職後の申請においても要件として出てくるものになりますので、こういった給付を受ける可能性がある方が退職される場合には予めこういった要件をお伝えされるのが良いかと存じます。

また、直接今回の件とは関係ありませんが、退職後にご本人様がどなたかの扶養に入る時に出産手当金を受け取っている場合についてですが、出産手当金は一時金であり継続して受け取る給付ではない為、扶養の収入要件に関わるものではありませんが、出産手当金を申請している期間(＝産前産後休暇期間)については扶養に入れないという取り決めをされている組合もございます。
退職後にどなたかの扶養に入る際は、扶養者が加入している健康保険組合等の扶養の加入要件等を予め確認される事をお勧めいたします。