ご記載のとおり、フレックスタイム制における法定休日出勤では、通常の勤務日とは別で集計し支払う必要があります。

その場合の支払内容としては、月給制であって、法定休日の労働時間を含む実労働時間が、その月の総労働時間として定められた時間の枠内であれば、すでに月給として100％分の賃金が支払われていることになるため、法定休日の労働時間については35％の割増賃金のみの支払でよく、本体部分を含めた135％とする必要はございません。
該当の方は時短勤務を行っている方ということですので、その実労働時間は月の総労働時間として定められた時間の枠内に収まると考えられ、35%の加算で事足りることになります。

今回は、みなし残業代という賃金構成を取られているということですので、実際の法定休日出手当がみなし残業代を超えなければ、法定休日出勤手当を別で支払う必要はございません。

また、フレックスタイム制の時短勤務者の早退時間の算出について法定休日労働時間を勤務時間に含めるべきかということについては、給与規定に明示がないということですが、法律上も控除の計算において時間をどのように取り扱うかまでは定めておらず、法定休日労働の時間を勤務時間に含めた場合と含めなかった場合では遅早控除の額が異なる計算結果となりますので、会社として本人有利となる方法を取ることが良いかと存じます。

今後の運用としては、そもそも時短勤務者の場合には休日出勤や残業がないように業務を現場でコントロールすることを改めて伝えることや、賃金規定や労使協定等で明示することが考えられます。