回答いたします。
まず、キャリアアップ助成金の支給要件として、対象者の正社員への転換前後6ヵ月で、賃金が5％以上上昇していること、という項目があります。
ここで、当該期間の中で月所定労働時間数のような所定労働時間や給与支給形態に変更があった場合は、賃金上昇を計算する際転換前後の「実支給額」を比較するのではなく、月所定労働時間数に基づく時給換算した額を比較します。

御社の場合、月所定労働時間数が増加しているため、時給換算すると若干減少することになります。賃金上昇額によっては、この計算方法の違いにより支給要件に該当しないケースが出てくるため注意が必要です。

厚生労働省ホームページに、賃金上昇要件確認ツールが公開されていますので、必要に応じてご使用ください。
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000118801_00002.html

また、月所定労働時間数の変動に伴い、給与額が変動している場合は
変更についての雇用契約書または労働条件通知書等が必要になりますので併せてご準備下さい。