厚生労働省では、業務上の腰痛が労災認定されるための要件として「腰痛の認定基準」を定めています。
この基準で、腰痛を「災害性の原因による腰痛」と「災害性の原因によらない腰痛」の２種類に区分し、労災と認定するための要件を定めています。

「災害性の原因による腰痛」
①腰痛またはその原因となった急激な力の作用が、仕事中の突発的な出来事によって生じたと明らかに認められること
②腰に作用した力が腰痛を発症、または著しく悪化させたと医学的に認められること

上記①②の要件をいずれも満たす場合、労災として認定されます。

「災害性の原因によらない腰痛」
日々の業務による腰への負担が、一定期間にわたって徐々に積み重なって発症した腰痛で以下の２種類に分けて判断されます。

①筋肉疲労が原因の場合
下記のような業務に短期間（約3か月以上）従事したことによる筋肉等の疲労を原因として発症した腰痛は労災として認定されます。
（イ）20㎏以上の重量物を繰り返し中腰の姿勢で取り扱う業務
（ロ）毎日数時間、腰部に負担のかかる不自然な姿勢を取ったまま行う業務
（ハ）長時間にわたって腰部の伸展を行うことのできない同一作業姿勢を持続して行う業務
（ニ）腰部に著しく粗大な振動を受ける作業を継続して行う業務

②骨の変化が原因の場合
下記のような業務に長期間（約10年以上）にわたり継続して従事したことによる骨の変化を原因として発症した腰痛は、労災として認定されます。
（イ）30㎏以上の重量物を3時間以上取り扱う業務
（ロ）20㎏以上の重量物を4時間以上取り扱う業務　

ご相談のケースのように、椅子に長時間継続して座り続けることは①（ロ）の「腰部に負担のかかる不自然な姿勢」とも言えませんし、業務中であっても適宜腰を伸ばすことも可能であると思われますので、①（ハ）にも該当しないものと考えられます。

従って、ご相談のような、在宅勤務による腰痛の悪化が労災と認定される可能性は極めて低いものと考えられます。

参考：厚生労働省ホームページ（http://www.mhlw.go.jp/new-info/kobetu/roudou/gyousei/rousai/111222-01.html）