乙欄から甲欄へは給与所得者の扶養控除申告書を提出いただくことで変更となります。
原則として、扶養控除申告書は本年最初に給与の支払を受ける時までに給与の支払者に提出することになっています。

給与計算へ甲欄を適用するタイミングについては扶養控除申告書が提出された日以降、最初に到来する給与支給日の給与にて反映します。
今回のケースですと、10/1～10/14までが乙欄（①）、10/15～甲欄（②）と伺っています。御社の給与計算締め日は月末日、支払日が翌月25日払になりますので、給与支給日の11/25に支払われる給与は乙期間を含めて甲欄計算するものになります。

源泉徴収票を発行する際は1枚になります。
今回のケースでは11/25以降年内に退職する場合の源泉徴収票については乙期間（①）と甲期間（②）の給与を合わせて計算し、1枚作成することになります。
尚、年末調整の際に対象となる金額は前職甲欄の源泉徴収票（③）を入手いただき、乙期間と甲期間を合わせた金額となります。（①+②+③の金額）源泉徴収票は「摘要」欄に前職の情報を記載いただき1枚作成することになりますのでご留意ください。

甲欄から乙欄になる場合も併せてご確認ください。

年の途中で甲欄から乙欄なった従業員に発行する源泉徴収票は？
https://media.o-sr.co.jp/question/question-26552/

＜参考＞
主たる給与の支払者が交代した場合の記載方法
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hotei/7/11.htm