休日とは、暦日ですので、午前0時から午後12時までの24時間休ませる必要があります。ついては、水曜と土曜について半日の営業だとしても、それはどちらも出勤日であり休日とはならず、週休2日にはなり得ません。

それを踏まえて、以下回答いたします。

①求人票等には、休日は日曜日と祝日のみであることを記載し、
　就業時間について、水曜と土曜日が半日であること（9：00～13：00など）を記載するようにして下さい。

②就業規則にはどのように規定しているでしょうか。
　就業規則内にも、休日に関する規定（条文）があるかと思いますので、もし実態と
　異なる場合には修正をしていただき、社員の皆様に周知するようにしてください。
　なお、給与に関しては、おそらく週40時間に収まるようにされていると思いますので
　月平均所定労働時間も変わらないかと思われます。
　その場合は特に給与額を変更する必要まではございません。
　
③こちらも就業規則にどのように規定しているかによります。
　休日に関して、「日曜日と祝日」としており、その祝日について「水曜日もしくは
　土曜日の場合は除く」というような記載がされているのであれば問題ありません。
　そうではないのでしたら、祝日である水曜日もしくは土曜日に勤務した場合、
　それは「時間外労働」もしくは「休日出勤」になります。
　事前に労働日を入れ替えることが可能なのであれば、振替出勤・振替休日という関係に
　することも考えられますが、そうではないのであれば残業手当、休日出勤手当を
　支払うようにしてください。

以上、参考になさってください。