労働基準法第34条では、労働時間が6時間を超える場合は少なくとも45分、8時間を超える場合は少なくとも1時間の休憩を付与しなければならないと定められています。

また、休憩時間には下記の3つの原則があります。
①休憩は労働時間の途中で与えられる
②休憩中は労働から解放されている必要がある
③休憩は一斉に付与されなければならない

①にもあるように労働時間の途中に休憩時間を与えなければいけません。
ご質問のように労働者本人の同意があっても休憩時間は労働時間の前後に与えることはできず、休憩時間を取得したことにはならないため、法令違反となります。

長時間労働すると心身に疲労をもたらすうえ、効率低下やミスにつながるおそれもあります。
労働時間の途中になぜ休憩時間をとるのか、休憩時間の趣旨をご本人にご説明されてみてはいかがでしょうか。