通勤手当は賃金として法律上で会社が支払う義務はありませんが、就業規則等によって支給することを明記している場合は、賃金とみなされます。
賃金とみなされる場合には、会社に支払い義務が生ずることになる為、その基準通りに支給することとなります。

また、台風等で会社に申請した通常の通勤手段とは異なる手段で通勤する際にも就業規則等に支給が定められているのであれば、それに従って支払いが必要になります。
しかし就業規則等に定めがないのであれば、通常申請している通勤手当以外に支払う必要はありません。

ただし、ここで注意がしなくてはならない点があります。
就業規則等に定めがなくとも、このような台風等の突発的な場面において過去から継続的にタクシーの利用を認めて支払っているような事実がある場合に、それが一定のルールとして取り扱いがされる為、支払い義務が生ずる可能性があります。これを労使慣行といいます。

実務的には、まず会社の就業規則等では通勤にタクシーの利用を認めていないので支払い必要はないでしょう。あとは過去からの労使慣行の有無を確認して、台風の場合にタクシー利用を認めている事実がないのであれば、社員が通常と異なる通勤をしているので支払う必要はないでしょう。

また、今回より会社がタクシー代を一部負担する場合は、先に記載したように今後は労使慣行となる可能性がありますので支払い基準を十分に検討いただく必要があります。

今回の台風での経験を基に会社内での通常とは異なる場合の出社の対応や通勤手当の支払いを見直す機会にしていただければと思います。