ご記載の内容からすると、限りなく、評価期間は1か月を超える可能性が高いのではないかと思われますが、1か月を超えるとは限らないということですので、その場合について回答させて頂きます。

「特別手当」につきましては、残業時間も含めた総労働時間での貢献で評価をされると思われますので、歩合給のようにご計算いただく形で良いかと思われます。
つまり、「特別手当」の中に、残業代125%のうち100%分は支給されているものとする、という扱いです。

ただ、賃金としては上記の取扱いで良いかと思われますが、社会保険法の観点で考えますと、「特別手当」は「報酬」ではなく「賞与」になる可能性があるかと存じます。

報酬・・・基本給のほか、役付手当、勤務地手当、家族手当、通勤手当、住宅手当、残業手当等、労働の対償として事業所から現金又は現物で支給されるものを指します。
賞与・・・賃金、給料、俸給、手当、賞与、その他いかなる名称であるかを問わず、被保険者が労働の対償として受けるもののうち年3回以下の支給のものをいいます。なお、年4回以上支給されるものは、標準報酬月額の対象となります。また、労働の対償とみなされない結婚祝金等は対象外です。

つきましては、社会保険に加入する従業員に対し「特別手当」を支給する場合で、「賞与」に該当する場合、毎月の社会保険料のほかに「特別手当」に対応する社会保険料を控除する必要がありますのでご注意ください。