本件のような場合は、特定理由離職者には該当いたしません。

特定理由離職者に該当するのは以下を理由として退職した場合です。
①期間の定めのある労働契約の期間が満了し、かつ、当該労働契約の更新がないことにより離職した者（特定受給資格者に該当する場合を除く）
②正当な理由のある自己都合により離職した者

確かに、②の正当な理由の具体例として「体力の不足、心身の障害、疾病、負傷、視力の減退、聴力の減退、触覚の減退等により離職した者」が挙げられておりますが、本件は体調不良を理由とした離職ではなく、休職期間満了を理由とした離職です。
御社では休職期間満了とともに解雇ではなく退職となるとのことですので、会社都合でも自己都合でもない自然退職にあたると考えられます。

よって、②正当な理由のある「自己都合」により離職した者に該当することはなく、特定理由離職者にも該当いたしません。

離職票の離職理由欄においても、「５．(2)労働者の個人的な事情による離職」ではなく「６．その他」を選択し、具体的な理由を記載する欄に休職期間満了を理由とする退職である旨、記載することになります。