結論から申し上げますと、出勤停止中の有給休暇を認める必要はございません。

そもそも出勤停止とは社員に対しての懲戒処分になり、当該社員に対してのペナルティとなります。
つまり出勤を認められない日になります。

有給休暇は出勤しなければならない日にしか使用することができませんので、事前申請の有無に関係なく、今回のケースでは有給休暇を認める必要はございません。