結論から申し上げますと、公休日に有給休暇を取得することは出来ません。
従いまして、公休日に登録されている有給休暇については変更をしていただく必要がございます。

退職日が決まっているが、残有休をすべて消化したい、とのことですので、会社側として問題ないようでしたら、ご本人様と再度話をされて、退職日を変更する（有休分だけ後ろにする）等でもよろしいかと思います。

退職時の有休消化等はトラブルになりかねませんので、退職日については、本人の意向（有休の消化）等を考慮し、話し合いを十分に行ったうえで決定されることをお勧め致します。