ご質問にあります固定残業代・家族手当・皆勤手当の廃止については、いずれも全員が対象にならなくても影響を受ける人がいる以上不利益変更であることは確かです。
ただし、今回の制度改定において御社の目的は年功序列色強い制度の是正し、中途採用者の給与水準の決め方に統一性を持たせ、給与とパフォーマンスがバランスを取るための原資の再配分であり、何より総額人件費もアップとのことで人件費の削減ありきでないということは明らかです。

労働条件の不利益変更を含む制度の変更は容易なことではありませんが、それを言っていたら今回のような変更もできなくなります。
今回の制度改定が何を目的としたものか、そして前述の3種の手当ついては、改定においてどのような位置づけで見直するものか説明し、また今回減額となる人たちについても中長期的には有利に働くこともあるということについて理解されるようなアプローチをご検討ください。