確かにご質問の件は減額という点では不利益変更と言えますが、今回の検討事項の目的は何でしょうか。

2キロの通勤距離ということについて　2キロ×往復×20日＝80キロ　と考えた場合、月額4000円は燃料費として必要以上の額と感じます。
また駅までの距離が一定以下の場合、バスなどの移動手段は通勤手当の支給対象外にするという運用があります。そのような公共交通機関での通勤との公平性を図るといった趣旨、あるいは2キロは決して遠距離とは言えません。
自動車通勤の利用を制限を設けるといった観点でしたら、数字のみで不利益変更とせず、目的を説明して理解を得ることは可能と考えます。

今いる従業員は減額せず、今後入社する社員のみを対象とすることも目的によると考えます。通勤手段の違いによる不公平の是正といった背景があるようでしたら、既得権は残さない方がよいでしょう。
即時適用とならなくとも一定期間かけて減額して水準を統一するなどご検討ください。