ご認識の通り、所得税につきましては、本人より徴収した額を会社が代わりに納付するものとなります。
ただし、年末調整を12月に実施されていらっしゃるのであれば、本来の納付期限の12月分（1月10日）までに納めるべき所得税となります。

「年末調整による不足額徴収繰延の承認申請書」の提出要件に該当し提出後、所得税の納付を繰り延べるということも可能でございますが、いずれにしても最終給与支給日までには提出が必要となりますため、今回はこちらの手続きは使用できないことになります。

今回の年末調整過不足額の取扱いについての

①手取り額（取れる分）全額を控除し、引ききれない分は会社が立替し、納付する。
②一定額を手取りを残し、本人から控除する。

いずれかの対応をするかは、最終的には対象社員の方との話し合いを行い
決定されるべき事項だと思います。

徴収しきれないかもしれないというご懸念につきましては、こちらの話し合いの中で
徴収スケジュールを計画していただき、途中退職した場合には、最終給与等で徴収するということについても、お話しになられてはいかがでしょうか。


※
【年末調整による不足額徴収繰延の承認申請書の対象者】
不足額の全額を本年最後に支払う給与から徴収すると12月分の税引後の給与の金額が本年1月から11月までの税引後の給与の平均月割額の70％未満となる人で、
繰延べの承認を受けようとする人

【年末調整による不足額徴収繰延の承認申請書の提出期限】
承認を受けようとする年度の最後の給与の支払を受ける日の前日まで