ご対応をいただく際に留意すべき点は、会社のルールに則った対応をすることと、周囲の社員への悪影響や不公平感、ご本人の反発やトラブルを招かないよう配慮することです。

具体的に、スタッフ本人への指導としては、まず遅刻を頻発する原因は何か、本人の責任による事情なのかを確認し、その上で注意・指導をすることが望ましいと存じます。
本人の責となるもの（寝坊等）に対しては、職場秩序を乱す行動であるとして、改善するよう注意し、本人に責任が無いもの（電車遅延、体調不良等）に対しては、理解の姿勢を示した上で、規則に則るよう指導をすることが適切です。
（「あなたの通勤経路は遅れが生じやすいようなので、それを見込んで始業時刻に間に合うように来てください」と注意を促す、「少しでも遅れる時は必ず事前連絡する」ルールを徹底させる等）

また、ご本人以外のスタッフに対しても、原則の再確認を促すことが有用です。
「会社の決まりのため、勤怠不良が度重なると、医師の診断書や始末書の提出を求められる場合がある」ことを周知してください。

もし、該当のスタッフへの口頭注意によっても改善が見られない場合は、書面による注意を複数回行い、記録を残しておくことが適切です。
複数回の注意の上で改善の見込みがなければ、就業規則の懲戒規定に基づき処分することが、原則的な対応となります。その際は、懲戒事由への該当性や懲戒の程度等を鑑みて、懲戒権の濫用とならないよう注意してください。

遅刻や欠勤はどの従業員にも起こりうるため、全スタッフに対し公平に対応できるように留意が必要です。
どのような頻度・事情の勤怠不良に対し、どの程度のペナルティを科すのが適切か、会社側で、対応を確認しておくことをお勧め致します。