距離証明の提出は全国的に見ても一般的です。
バス代を2キロ未満は支給しないと給与規定に定めてらっしゃるとの
ことですので、バス会社から公表されている証明書は交通費の不正
受給を防ぐ観点からも必要かと存じます。

ただし、バス会社が距離証明を発行しない場合もありますので、この場合の
代替案として通勤経路図と一緒に時刻表サイトから距離を算出したものを
提出してもらうのはいかがでしょうか。

時刻表のサイトを使うことで従業員が提出した書類を容易にチェックすることが
出来ます。
また、一部のバス会社もホームページで運賃検索、距離証明書のページを出す際に
「運賃検索サイトに遷移します。」というような表記も出ており、このような
サイトの利用も一般的になっている様に感じます。