結論から申し上げると、本件においてフレックス勤務制度の従業員を9：30出社とすることに法律上の問題はないと考えられます。

そもそもフレックスタイム制とは、日々の始業及び終業の時刻を労働者に委ねる制度です。（労働基準法第32条の3）
フレックスタイム制を選択していると、出社時間に関して本人の自由裁量が認められる「フレキシブルタイム」の間は何時に出社しても遅刻扱いにはならず、その後の実労働時間が勤務時間として認められます。
そのようなメリットがある反面、出社していない時間が勤務時間と認められないというデメリットもあるのがフレックスタイム制となります。

また、本件においては従業員が9：00に出社しようとしたというのは会社の課した義務ではなく、本人の意思となります。
例えば8：00に出社しようと頭では考えていたと言えば10：00に出社しても8：00出勤になるというのであれば、会社は従業員の労働時間の管理ができません。
故に、そのようなフレックス勤務制度の性質上、理由の如何を問わず実際に出社した時刻を出勤とすることに問題はございません。

制度の違いで処遇に違いが出てしまうのは仕方のないことです。
従業員にご理解いただき、毎朝9：00に出勤するというのであれば通常勤務を勧めるのも一つの解決策ではないかと存じます。