交通費の支給額の決定について法的定めはございませんので、可能か不可能か、という点だけで申し上げれば可能です。

ただ、交通費の支給について就業規則上どのように定められていますでしょうか。
多くの場合、非課税枠に収まるよう「最も経済的かつ合理的な経路及び方法」というような内容で規定されているかと存じます。
そして、運賃や距離、時間などを総合的に鑑みて会社が判断することになりますが、一般的に交通費支給の経路として認めるのは1つです。

というのは、個別の事情などを考慮する場合には、どこまでの事情を汲むのか判断が難しいところがありますし、事務手続きも煩雑になります。また、社員側に不公平感が生まれる可能性がございます。

社員規模がそれほど大きくない現状でしたら、多少の煩雑さも吸収でき、社員との距離感も近く不公平感も生まれにくいかと思いますので、「個別判断していく」というご判断もあるかと存じますが、将来的な視点も踏まえてご検討頂ければと思います。