まず、時間外勤務の計算方法についてです。
短時間勤務者の所定勤務時間は復帰時に指定された6.5時間となりますので、その時間を越えて勤務した場合には時間外勤務として取り扱います。
ただし、法定労働時間の8時間を越えていない時間外勤務については時間単価分のみの支払いとなり、給与計算上、時間単価×1.25の金額を支給する必要はありません。

続いて、含み残業代についてです。
育児休業明けの短時間勤務制度の趣旨を考えますと残業をしないことが前提となりますので、短時間勤務者は20時間分の含み残業代は適用しないことになります。
予め賃金規程等に 「短時間勤務者には、固定残業手当の適用をしない」旨明記し、復帰時の短時間勤務の相談があった際にも説明できるようにしておく必要があります。
含み残業代が設けられていても実態として残業が発生しておらず、新たに基本給・含み残業代を元に賃金の見直しを行うことが考えられる場合は、その旨も賃金に記載するのがよいでしょう。

そもそもの前提として、短時間勤務の趣旨を鑑み、残業が発生することがないように各部署でマネジメントを行う必要がございます。